遺伝子に関するデータベース
1. 統合データベース

塩基配列、アミノ酸配列と文献(Medline)等を統合したデータベース

  

1) DBGET (GenomeNet)
    http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html

  京都大学化学研究所と東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターにより構築された分子生物学関連の統合データベース。塩基配列(DDBJ, GenBank, EMBL)やアミノ酸配列(SwissProt, PIR, PRF)情報を始めとして、マップ、タンパク質の立体構造、配列モチーフ、文献、パスウエイマップ等の種々のデータベースが統合的に参照できる。


2) Entrez
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/

  米国のNCBIで構築している統合データベース。塩基配列、アミノ酸配列、立体構造、文献情報などが参照できる。


3) SRS(EMBL)
    http://srs.ebi.ac.uk/
    

  英国のEBIで構築している統合データベース。DBGETやEntrezと同様の使い方ができる。

2. 塩基配列データーベース

  

1) DDBJ 日本DNAデータバンク
    http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html

  国立遺伝学研究所で構築している塩基配列の公共データベース。FASTA/BLASTを使用した相同性検索や他のデータベースへのリンクも可能。GenBankやEMBLとは、塩基配列データベースの共同構築が行われている。


2) GenBank
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html

  米国のNCBIで構築しているデータベースで、塩基配列の登録やデータ検索が可能である。dbESTやdbSTSにリンクしている。


3) EMBL
    http://www.embl-heidelberg.de/
    http://www.ebi.ac.uk/embl/Access/ (EBIノード)

  欧州の塩基配列データベース。DDBJやGenBankと同様の使い方が可能。


4) TIGR Database
     http://www.tigr.org/tdb/fungal/

  The Institute for Genomic Research (Rockville,MD)が構築しているデータベース。

3. ゲノム関連データーベース

  

1) GDB
         http://gdb.jst.go.jp/ (JST,日本ノード)

  Johns Hopkins大学で構築してきた遺伝子地図のデータベース。現在、The Hospital for Sick Children, Torontoで維持されている。JST,研究基盤情報部では日本語ページのサービスも行っている。


2) UniGene
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/

  ヒト遺伝子配列のデータベースで、GenBankの登録番号、検索ワードや染色体番号等で検索できる。


3) ―――――――
    


4) HOWDY(ヒトゲノム情報統合データベース)
    http://www-alis.tokyo.jst.go.jp/HOWDY/

  科学技術振興事業団が開発したヒトゲノム情報の統合データベース。


5) OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/

  ヒト遺伝子変異と遺伝病に関する代表的なデータベース。Johns Hopkins大学 McKusick博士の名著のオンライン版。日々更新されている。


6) HGMD (Human Gene Mutation Database)
    http://www.hgmd.org/

  ヒト遺伝病関連遺伝子の突然変異を収集したデータベース。個々の遺伝子に関する突然変異データベースを集めたリンク集がある。


7) GeneCards: human genes,proteins and diseases
    http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/

  ヒト遺伝病関連遺伝子を含む10000以上の遺伝子が登録されている。遺伝子の機能や構造などの情報や他のデータベースへのリンクが豊富。


8) SNPs データベース

    ・JSNP:IMS-JST SNPs Database
      http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/index_ja.html

    ・NCBI's dbSNP
      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

    ・The SNP Consortium
      http://snp.cshl.org/

    ・Whitehead cSNP Data
      http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/human/
      http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/mouse/

    ・HGBASE (Human Genic Bi-Allelic SEquences)
      


9) マウス、ラットのゲノムデータベース

    ・Mouse Genome Informatics (Jackson Lab.)
      http://www.informatics.jax.org/

    ・FANTOM(理研)
      http://www.gsc.riken.go.jp/e/FANTOM/

    ・RatMAP
      http://ratmap.gen.gu.se/

    ・Rat Genome Database(Medical College of Wisconsin)
      http://rgd.mcw.edu/

    ・OLETF PROJECT(大塚 GEN研究所)
      http://ratmap.ims.u-tokyo.ac.jp/

4. 発現プロファイルデータベース

  

1) BodyMap
    http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp

  ヒト遺伝子の細胞や組織における発現情報についてのデータベース。東大・医科研でリニューアルオープンされた(1999.7)。


2) NCBI SAGEmap
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SAGE/

  SAGE法による発現解析データベース。


3) Stanford Microarray Database
     http://smd.stanford.edu//

  スタンフォード大学のマイクロアレイデータベース。

5. その他

  

1) KEGG
    http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

  京都大学化学研究所で構築しているデータベースで、パスウエイマップ、ゲノムマップや遺伝子カタログなどから構成されている。


2) dbCFC
    http://cytokine.medic.kumamoto-u.ac.jp/

  熊本大学が構築しているサイトカイン遺伝子に関するデータベース。サイトカインに関連するリンクサイトが掲載されている。


3) ゲノム関連データベースのサーバー
    http://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/links/links-Genome.html

  東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターDNA情報解析研究室のゲノム関連データベースリンク集。